基因與基因體學 總體基因體學

【回顧月】總體基因體學

在我們所處的這個大千世界中,充斥著各式各樣無數未知的微生物。過去我們所已經了解的,其實可能只是冰山中的一角,甚至說只是一個點也不為過,而這些微生物和我們的生活其實並非毫無關係,反而是息息相關,隨時隨地在影響著我們的生活,現在就讓我們帶著一把名為“總體基因體學(Metagenomics)”的放大鏡,帶著我們一窺微生物的奧秘!

在漫長的過去,我們只能透過微生物的培養來認識這些充斥在這個世界各個角落的微生物,但當現在的我們具備了足夠成熟的基因定序技術,以及足夠完善的數據處理能力,我們可以透過分析不同環境中微生物的核酸分子,去了解這些過去因無法培養而一直無從得知的微生物菌相(microbiota),並透過這樣新的探索工具,增進對於這些未知小生物的認識,同時也透過更深入的認識,從中尋找為人類帶來更多福祉的可能性。
在去年 12 月裡,我們 investigator 社群已經為各位帶來了許多有關總體基因體學的相關報導,其中包含有針對總體基因體學研究技術的演進,以及這樣的新工具為我們所帶來的種種應用,例如在技術演進方面,我們有介紹到以色列魏茨曼科學研究所(Weizmann Institute of Science)透過序列演算法推算細菌生長動態的分析,以及序列比對技術的優化等等,而在應用方面,我們介紹了腸道、皮膚以及環境中各式各樣的微生物都可以透過總體基因體學的方法,讓我們對這些微生物有更多更深層的了解,也更加理解到我們人類本身與這些小小生物們的互動關係究竟如此地緊密,甚至更可以透過這樣的方法來幫助我們在鑑識科學上得到更為準確的死亡時間推算,由此看來,總體基因體學已經讓我們對於這些微生物有了更多且更深的理解,同時也為我們的生活帶來了更多應用的可能性,因此希望各位讀者如果看完本篇介紹,想對總體基因體學有更多的了解,歡迎大家到我們的粉絲專頁閱讀12月有關總體基因體學的報導。

在生化課本上琳琅滿目的代謝路徑,醫院中普遍用於治療細菌疾病的抗生素,這些都是過去對於微生物研究後所獲得的知識與應用,今天有了“總體基因體學”這樣的放大鏡,對於微生物,我們能有更深且更廣的了解,但,總體基因體學能帶給我們的,仍只停留在『看』的階段,若無法解決無法培養的問題,對於這些微生物,我們就無法有真正透徹的了解,因此希望各位未來的科學家能夠循著前人的腳步,發展出更多研究微生物的好方法,讓我們有機會透過更多對於微生物的知識,為自己也為未來人類的幸福而努力。

參考資料:

  1. 維基百科:總體基因體學 https://goo.gl/vBj3El
  2. 總體基因體學:窺見繁星微光中最美的安排 http://goo.gl/jrmnii
  3. 關鍵時刻:用序列演算方法剖析細菌生長動態 http://goo.gl/h4Xyxk
  4. 天機不可「泄」漏 —排泄物將你的生活展露無遺 http://goo.gl/035oz3
  5. 城牆與士兵:皮膚與微生物群落 http://goo.gl/je3TWu
  6. 小兵立大功—剖析微生物群落在鑑識科學上的貢獻 http://goo.gl/cV4bKH
  7. 病毒利他更利己—深海噬菌體與宿主的代謝互動 http://goo.gl/JunS22
  8. 大自然的奧秘——對於病毒,我們到底了解多少? http://goo.gl/WrjvCv

撰文│許政雄
修訂|蔡京庭

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許政雄

2016年於長庚生物醫學系提畢,目前就讀於台大基因體與系統生物學學位學程碩班,從事合成實驗演化學的研究,過去曾經待過各種體學的實驗室,對於學習科學上的新知特別感興趣,從小的夢想就是希望在獲得合理報酬下,應用所學改變世界,個人而言非常喜歡教書與分享,因此希望透過investigator這樣的大家庭,和更多生醫、生技與醫學等等領域的夥伴一起成長、共同學習_